I løbet af de ca. 1100 år efter blev området udsat for et stort antal konflikter inklusive "100 års krigen" og sågar et af Paven blåstemplet korstog fra Nordfrankrig: "Det Albigiensiske korstog". Resultatet af dette korstog kan i dag ses i form af en halv snes mere eller mindre ødelagte og besejrede borge lige nord for den østlige halvdel af Pyrenæerne. Borgene er alle placeret vidunderligt smukt på vanskeligt tilgængelige bjergtoppe.
Årsagen til korstogene i perioden 1209 til 1255 var, at der i Sydfrankrig var opstået en version af kristendommen, Katharisme, som bl.a. ikke anerkendte den katolske kirkes magtstruktur og protesterede mod det, de opfattede som kirkens moralske, åndelige og politiske korruption
Navnet Kathar stammer fra græsk katharoi, "the pure [ones]". Katharerne tilbad en dualistisk gud, som indeholdt både en venlig gud (det nye testamente) og en ond gud (det gamle testamente). Den katolske kirke opfattede katarerne som kættere og bekæmpede dem med de værste midler, man kan forestille sig herunder massakrer af hele byers befolkninger, både katharer og katolikker. Da Carcassonne blev erobret blev indbyggerne dog ikke massakreret, men jaget nøgne ud af byen.
Som reaktion på katharismen bad Pave Innocens III den franske konge, Filip II, om hjælp mod de adelsmænd i Sydfrankrig, som tillod katharismen, men Filip nægtede. Grev Raymond VI (greven af Toulouse) mødtes med pavens udsending, Pierre de Castelnau i januar 1208, og dagen efter deres møde blev Pierre de Castelnau myrdet. Paven reagerede på mordet ved at udstede en bulle, der kaldte til korstog mod Languedoc, og som tilbød kætternes jord til alle, der ville kæmpe. Dette tilbud om jord fik det meste af adelen i Nordfrankrig til at gå i krig mod adelen i syd. Med rødt er markeret Katharernes borge og de veje, der forbandt dem.
Alle katharernes borge måtte overgive sig i løbet af de ca. 45 år krigene varede fra 1209. De fleste blev ødelagt. Efter Montsegur var besejret valgte ca. 210 indbyggere at gå på bålet den 16 marts 1244 i stedet for at konvertere til katolicisme.
Carcassonne og Queribus blev ikke ødelagte i krigene med Nordfrankrig. Queribus fungerede som grænseborg mod Spanien indtil grænsen blev flyttet sydpå til toppen af pyrenæer bjergkæden.